Université de Liège Réseau des Bibliothèques

BICTEL/e - ULg
Serveur institutionnel des thèses de doctorat



Nouvelles thèses
dans BICTEL/e - ULg
  • Bouabidi, Abderrahim - Etude Critique des Différentes Approches de Validation des Méthodes Analytiques
  • Palm, Mélanie - Etude de la faculté des protéines MX porcines à conférer une résistance contre le virus influenza A et contribution à l'identification du mécanisme impliqué
  • Dermine, Martin - TESTING CANDIDATE EFFECTORS CONTRIBUTING TO RESISTANCE TO PNEUMOVIRUSES
Présentation Recherche thèse Dépôt thèse Accès
gestionnaires
 
Page de résumé pour ULgetd-08022007-125158

Auteur : Chahed, Amina
E-mail de l'auteur : georges.daube@ulg.ac.be
URN : ULgetd-08022007-125158
Langue : Français/French
Titre : Prévalence et caractérisation de souches d’Escherichia coli O157 producteurs de shigatoxines isolées de denrées alimentaires d’origine animale en Belgique et en Algérie
Intitulé du diplôme : Doctorat en sciences vétérinaires
Département : FMV - Département des denrées alimentaires
Jury :
Nom : Titre :
Clinquart, Antoine Membre du jury/Committee Member
Demol, Patrick Membre du jury/Committee Member
Linden, Annick Membre du jury/Committee Member
Mainil, Jacques Membre du jury/Committee Member
Pierard, Denis Membre du jury/Committee Member
Rollin, Frédéric Membre du jury/Committee Member
Thiry, Etienne Membre du jury/Committee Member
Vanderplasschen, Alain Membre du jury/Committee Member
Vernozy-Roland, Christine Membre du jury/Committee Member
Lekeux, Pierre Président du jury/Committee Chair
Daube, Georges Promoteur/Director
Mots-clés :
  • sampling
  • surveillance
  • échantillonnage
  • foodborne disease
  • STEC
  • toxi-infection d'origine alimentaire
  • epidemiology
  • Epidémiologie
Date de soutenance : 2007-09-05
Type d'accès : Mixte
Résumé :

DESCRIPTION DU SUJET ABORDE

Certains Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) ou Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) sont responsables de toxi-infections d’origine alimentaire qui se traduisent par des diarrhées mais aussi par des syndromes plus graves pour l’homme comme le syndrome hémolytique urémique pouvant provoquer la mort. Ils apparaissent comme un problème important de santé publique. La souche de STEC du sérotype O157:H7 est responsable d’épidémies dans le monde causant des milliers de malades et des dizaines de morts. Le réservoir principal est le bovin et les autres ruminants. Les principaux modes de transmission des infections à STEC à l’homme sont la consommation d’aliments contaminés, la transmission de personne à personne, l’ingestion d’eau contaminée et le contact avec des animaux (notamment les bovins) et leur environnement. Les facteurs de virulence des Escherichia coli producteurs de Shigatoxines (STEC) sont principalement les protéines codées par un îlot de pathogénicité, le LEE “Locus of Enterocyte Effacement”, impliquées dans la formation de la lésion d’attachement et d’effacement et de la diarrhée et les toxines de Shiga codées par des bactériophages et impliquées dans les syndromes extra- intestinaux. A partir des années nonante, le nombre croissant d’épidémies liées à STEC, en Amérique du Nord et en Europe, ont interpellé les professionnels du secteur qui ont concentré leurs efforts pour mettre au point des moyens de recherche, d’identification, de maîtrise et de prévention du danger.

Le premier objectif de ce travail était donc d’approcher le plus précisément possible la situation en Belgique dans les principales filières de production de denrées alimentaires d’origine animale (DAOA). Pour ce faire, les études suivantes ont été entreprises: i) une étude préliminaire de la contamination par les STEC O157 des carcasses de bœuf et de porc (étude I) ; ii) une étude visant à la détermination du taux de contamination des viandes hachées de bœuf par les STEC O157 et autres sérotypes ; iii) des études extensives basées sur des plans annuels de surveillance couvant toute la production nationale visant à établir le taux de prévalence et l’évolution temporelle de la contamination par les STEC O157 dans les principales DAOA mais surtout dans la filière de la viande de bœuf. Les plans de recherche de ces pathogènes ont été couplés à la détermination du nombre d’E. coli totaux pour juger du niveau de maîtrise de la contamination fécale dans les établissements afin d’apporter des éléments quantitatifs pour une évaluation du risque lié aux STEC.

Le second objectif visait à déterminer le taux de contamination par les STEC et les STEC O157 dans deux abattoirs algériens, l’un de bœuf, l’autre de moutons afin de savoir si ces pathogènes posaient des problèmes de santé publique en Algérie. Le niveau de contamination fécale a aussi été étudié afin de juger de la maîtrise de l’hygiène de l’abattage.

RESULTATS

En Belgique

Evaluation du taux de contamination par les STEC de sérotype O157 de carcasses de bœuf et de porcs dans 9 abattoirs en 1996

Dans le cadre de l’implémentation du système HACCP (directive 93/43/CE), trois cent dix carcasses de bœuf et 245 carcasses de porcs ont été soumises à un écouvillonnage en surface au niveau de sites spécifiques. La méthode de recherche était basée sur les étapes i) un enrichissement non sélectif, ii) une méthode de séparation immuno-magnétique, iii) une détection immuno-enzymatique (VIDAS ECO, BioMérieux), iv) un isolement sur milieu Mac Conkey au sorbitol. Cette étude a permis de standardiser la méthode d’échantillonnage et a révélé, pour la première fois en Belgique, la présence d’une souche STEC O157 :H- (stx1+, stx2+, eae+) potentiellement pathogène sur des carcasses bovines.

Prévalence des Escherichia coli producteurs de shigatoxines dans les viandes hachées en 1997

Aucune souche de STEC O157 (eae stx) n’a été isolée à été isolée à partir des 627 échantillons de viande hachées analysées. La PCR a permis de détecter le gène stx dans 5,1 % des échantillons positifs (n=45). Seulement 7 souches ont été isolées par une méthode d’hybridation ADN/ADN sur colonies basée sur les principaux gènes des facteurs de virulence des STEC : Deux E. coli de sérotype O91 (stx2+, eae-), deux des E. coli entéropathogènes de sérotype O128 et trois de sérotypes non identifiés. La qualité bactériologique des viandes hachées testées était satisfaisante puisque plus de 80 % des échantillons avaient un taux d’E. coli inférieur à 50 unités formant colonies (ufc) par gramme donc au critère légal de m=50 ufc/gramme (Arrêté Royal du 4 juillet 1996)

Surveillance du taux de contamination des denrées alimentaires d’origine animale par des souches d’Escherichia coli du sérotype O157 de 1998 à 2004

Cette étude répond aux exigences des directives (92/117/CEE et 2003/99/CEE) et présente les plans de surveillance des STEC O157 dans les denrées alimentaires. Aucune souche de STEC O157 n’a été isolée à partir des 1025 échantillons (matrices issues de bovins, porcs, volailles, lapins) testés en 1997.

En 1998, une modification de la méthode analytique (méthode SP-VG M001) a permis d’isoler neuf souches d’E. coli de sérotype O157 (stx+) à partir de surfaces de 6010 carcasses regroupées en pools de 5 carcasses par échantillon. Quatre vingt pourcents des souches STEC O157 sont stx2 eae et ehxA et 90 % portaient l’antigène H7. Une majorité de firmes n’ont pas satisfait aux critères microbiologiques pour les E. coli (arrêté royal du 20 Août 2002). Cependant, aucune relation statistiquement significative entre les niveaux de contamination par les E. coli totaux et la présence d’E. coli O157 n’a pu être établie.

Les années 1999 à 2004 ont été marquées par une surveillance des STEC O157 sur un plus grand nombre d’entreprises, un plus grand nombre d’échantillons (filière bovine, porcine, poulet, poule et poissons), une plus grande surface de carcasses écouvillonnées (décision 2001/471/CE) et des recherches au stade du consommateur. La méthode de recherche des STEC O157 a été la méthode SP-VG M001. Le dénombrement des E. coli a été réalisé selon la méthode validée par l’AFNOR, SDP-07/1-07/93. Des prévalences de STEC O157 égales à 1,3 % (n=1984) en 1999, 0,4 % (n=1501) en 2000, 1,08 % (n=1388) en 2001, 1,07% (n=1225) en 2002, 0,82 % (n=1497) en 2003 et à 1,35 % (n=1337) en 2004 ont été mises en évidence sur les surfaces de carcasses de bœuf, ce qui correspond à une moyenne pondérée de 0,95 %. En ce qui concerne les viandes hachées, la prévalence des STEC O157 est faible soit 0,1 % (1/974) en 1999, 0,4 % (1/487) en 2000, 1,68 % (5/298) en 2003 et aucun STEC O157 en 2001, 2002 et 2004 pour une moyenne pondérée de 0,27 %. La présence de souches dans du haché de bœuf prélevé en grandes surfaces montre que des souches pathogènes se retrouvent parfois au stade de la distribution.

Entre 1999 et 2004, Deux souches STEC O157 ont été isolées en 2003 et deux autres en 2004 à partir de 764 viandes de découpe de bœuf analysées soit une prévalence de 0,52 %.

Les matrices de porcs, de poules, poulets et de poissons ne semblent pas présenter un danger à l’heure actuelle puisque aucun STEC O157 n’y a été mis en évidence à ce jour en Belgique.

Une amélioration de la contamination par les Escherichia coli a pu être observée au cours des années dans les firmes échantillonnées. Les 106 souches de STEC O157 isolées à partir des matrices de bovins sont en majorité des E.coli O157 :H7, stx2, eae et ehxA, fréquemment impliqué dans les formes graves des infections.

En Algérie

Evaluation du taux de contamination des carcasses bovines par les Escherichia coli entérohémorragiques du sérotype O157 et d’autres Escherichia coli pathogènes

Une méthode simplifiée de la recherche des STEC O157 a permis de révéler la présence de 18 souches (7,8 %) STEC O157 à partir de 230 carcasses de bœuf échantillonnées. Septante huit pourcents d’entre elles sont stx2, eae et ehxA. De même, 66 colonies possédant au moins un des gènes de virulence recherchés, ont été isolées à partir de trente carcasses positives à l’hybridation ADN/ADN sur colonies. Quarante (60,6 %) sont des E. coli entéropathogénes (eae+, stx-), 23 (34,8 %) sont (stx+, eae-) et trois (4,5 %) sont (eae+, stx+). Aucune des trois n’appartient aux sérotypes STEC les plus fréquents (O26, O111, O128, O103, O91, O145). Plus de 65 % des carcasses avaient des niveaux d’E. coli supérieurs à la limite d’acceptabilité (M) définie par le critère microbiologique belge (20 ufc/cm2).

Evaluation du taux de contamination par les Escherichia coli producteurs de shigatoxines sur les carcasses ovines et dans les matières fécales.

Cette étude a permis de mettre en évidence, la présence de STEC O157:H7 sur 2,5 % des 160 carcasses écouvillonnées (décision 2001/471/CE). Le pathotype principal était stx2 eae et ehxA. Parmi les neuf souches STEC O157 stx2 isolées et testées par PCR pour les sous-types c, d, e, f, seulement trois sont stx2d. L’étude du portage des STEC dans les matières fécales d’ovins a montré la présence du gène stx dans 25,4% des prélèvements (n=106). Le pathotype principal identifié sur un échantillon composite était stx1 (50 %) suivi du pathotype stx1, eae (46, 4%). L’ovin est donc aussi un réservoir potentiel de STEC pathogènes et une source de contamination pour l’homme

CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES,

L’existence de souches STEC O157 potentiellement pathogènes a été confirmée dans la filière bovine. La prévalence de ces agents pathogènes observée sur les carcasses bovines en Belgique (en moyenne de 0,95%) est proche des valeurs enregistrées dans d’autres pays : 0,7 % au Danemark, (EC, 2001), 1 % en Tchécoslovaquie (Lukasova, 2004) et 1,4 % en Grande Bretagne (Chapman, 2001). La prévalence des STEC O157 enregistrée en Algérie (7,8 % dans cette étude) est significativement supérieure aux prévalences observées en Belgique. Des prévalences du même ordre de grandeur ont été rapportées dans la littérature soit 17,1% aux USA (Elder et al., 2000), 12% en Italie (Bonardi etal., 2001), 11% en Irlande (Mc Evroy et al., 2003).

La prévalence des STEC O157 dans les viandes hachées est faible, en général inférieure à 1 %. Elle est de 0,27 % en Belgique (cette étude). De plus, la présence de souches dans du haché de bœuf prélevé en grandes surfaces a montré que des souches pathogènes se retrouvent parfois au stade de la distribution et constituent un danger direct pour le consommateur. Des résultats similaires ont été enregistrés 0,15 % en Angleterre (Chapman, 2001), 0,11 % en France (AFSSA, 2003). Les matrices de porcs, de poules, poulets et de poissons ne semblent pas présenter un danger à l’heure actuelle puisque aucun STEC O157 n’y a été mis en évidence à ce jour en Belgique. Comme l’ont mentionné la plupart des études relatives à la prévalence des STEC O157, il est difficile de comparer les résultats obtenus à cause des différences constatées au niveau de la taille des échantillons, des méthodes de prélèvements et de détection de ces agents pathogènes. La standardisation de la méthode de détection des Escherichia coli O157 (norme ISO16654) ainsi que l’application de la directive de la commission européenne (2001/471/ CE) définissant les quatre sites d’écouvillonnage au niveau des carcasses de bœuf et d’ovins ont permis d’asseoir une méthodologie de recherche performante. La majorité des souches STEC O157 isolées en Belgique et en Algérie présentent le pathotype stx2 eae ehxA considéré comme le plus dangereux pour la santé publique

Aucune association directe entre les taux élevés d’E. coli totaux et la présence de STEC O157 n’a pu être établie. E. coli ne semble pas être un indicateur pour la présence de cet agent pathogène mais, bien sûr, le niveau de contamination par les souches pathogènes doit diminuer en parallèle à la charge en E. coli totaux et que, donc, globalement le risque qu’elles présentent doit diminuer.

En ce qui concerne l’espèce ovine, Une prévalence égale à 0,7 % a été mise en évidence dans une autre étude en Grande Bretagne (Chapman et al., 2001). les résultats obtenus concernant le portage des STEC obtenus sont proches des résultats d’une étude en Suisse qui a révélé la présence de STEC sans préciser le sérotype dans 29,9 % des matières fécales (Zweifel et al., 2004). Les taux élevés de contamination fécale observés en Algérie laissent supposer que, si les animaux sont porteurs de STEC O157, le niveau de contamination des carcasses devrait être plus important qu’en Belgique.

En perspectives, au niveau belge, les plans de surveillance doivent être maintenus surtout au niveau des matrices bovines: carcasses, viandes hachées, découpes afin d’évaluer les évolutions. Ces études devraient être couplées en amont avec des études de prévalence au niveau des exploitations agricoles et en aval avec les données en pathologie humaine. Une plus grande coordination devrait s’opérer entre le secteur vétérinaire et la santé publique. En Belgique, le laboratoire de référence pour les EHEC est le même dans les deux cas (UZ-Brussel) ce qui signifie que les méthodes de typage appliquées aux souches des deux origines sont les mêmes. Les critères microbiologiques européens du Règlement (CE) N°2073/2005 vont encore accentuer les efforts des industriels pour la maîtrise des agents pathogènes dans les filières à risque, même si les STEC O157 ne sont pas encore repris dans les critères de sécurité de ce Règlement. Le développement de méthodes efficaces pour la recherche des autres sérotypes devrait permettre d’étendre la surveillance aux STEC non O157 les plus importants. Les données collectées au cours des plans de surveillance vont permettre de compléter les données disponibles pour une analyse du risque STEC O157 dans les filières à risque et particulièrement la filière bovine.

En Algérie, une application des plans HACCP au niveau des entreprises agroalimentaires et une surveillance des agents zoonotiques sont nécessaires. Des études complémentaires et approfondies grâce à la mise en place de moyens de diagnostic doivent être menées aussi bien au niveau humain qu’au niveau vétérinaire. Les résultats de ces études devront être considérés par la Direction des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture en Algérie.

REMERCIEMENTS

Cette étude a été menée grâce au soutien financier de l’Institut d’Expertise Vétérinaire(IEV) puis de l’Agence Fédérale pour la sécurité de la Chaine Alimentaire (AFSCA) par le laboratoire de microbiologie des denrées alimentaires de la Faculté de Médecine Vétérinaire de l’Université de Liège (ULg) et la collaboration du laboratoire Vakgroep Diergeneeskundig Toezicht op Eetwaren, Diergeneeskunde Faculteit, Universiteit Gent (U Gent); le laboratoire de microbiologie alimentaire de l’Institut Scientifique de la Santé Publique : Louis Pasteur (ISP-LP) et deux laboratoires de l’AFSCA qui ont participé aux analyses à partir de 2003 et le laboratoire de.(UZ-Brussel)

Les études en Algérie ont été réalisées grâce au soutien du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique et de l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alger avec la collaboration du laboratoire national de référence de microbiologie alimentaire de la faculté de médecine vétérinaire de l’ULg.

Autre version :
Fichiers :
Nom du fichier Taille Temps de chargement évalué (HH:MI:SS)
Modem 56K ADSL
[Public/Internet] 01_Introduction_CHAHED_Amina.pdf 2.31 Mb 00:05:29 00:00:12
[Public/Internet] 02_Etude1_CHAHED_Amina.pdf 586.71 Kb 00:01:23 00:00:03
[Public/Internet] 03_Etude2_CHAHED_Amina.pdf 444.44 Kb 00:01:03 00:00:02
[Public/Internet] 04_Etude3_CHAHED_Amina.pdf 832.62 Kb 00:01:58 00:00:04
[Public/Internet] 05_Etude4_CHAHED_Amina.pdf 815.93 Kb 00:01:56 00:00:04
[Public/Internet] 07_Discussion_CHAHED_Amina.pdf 526.65 Kb 00:01:15 00:00:02
[Public/Internet] 08_Bibliographie_CHAHED_Amina.pdf 553.22 Kb 00:01:19 00:00:02
[Public/Internet] 09_study3_original.pdf 167.11 Kb 00:00:23 < 00:00:01
[Public/Internet] 10.study4_original.pdf 176.97 Kb 00:00:25 < 00:00:01
Il y a 1 fichier(s) dont l'accès est interdit, à la demande de l'auteur.
Fichiers accessibles par l'Internet [Public/Internet] ou que par l'Intranet [Restreint/Intranet].

Bien que le maximum ait été fait pour que les droits des ayants-droits soient respectés, si un de ceux-ci constatait qu'une oeuvre sur laquelle il a des droits a été utilisée dans BICTEL/e ULg sans son autorisation explicite, il est invité à prendre contact le plus rapidement possible avec la Direction du Réseau des Bibliothèques.


Parcourir BICTEL/e par Auteur|Département | Rechercher dans BICTEL/e


© Réseau des Bibliothèques de l'ULg, Grande traverse, 12 B37 4000 LIEGE